Die Rothenburg wurde im Jahre 1103 erstmals urkundlich erwähnt. Als Baumaterial für die imposante Festungsanlage diente roter Sandstein. Diesem verdankt die Rothenburg vermutlich auch ihren Namen.

Die einstigen Bauherren, die Rothenburger Grafen, starben um das Jahr 1200 aus. Neue Burgherren wurden die Grafen von Beichlingen. Unter ihrer Herrschaft weilte auch der im Mittelalter berühmte Minnesänger Christian von Luppin auf der Rothenburg.
Bis zum Ende des 16. Jahrhunderts wechselte die Burg noch mehrmals die Besitzer. Im 15. Jahrhundert wurde sie letztmals restauriert und erweitert. Nach dem Tod des letzten Grafen im Jahre 1576 begann der Verfall der Rothenburg.
Ihr Dornröschenschlaf dauerte mehrere hundert Jahre, bis zur Zeit der Romantik wieder das Interesse an dem alten Gemäuer erwachte.

Nach der Errichtung des Kyffhäuser-Denkmals wurde Ende des 19. Jahrhunderts aus dem von diesem Monumentalbau übriggebliebenen Baumaterial neben der Rothenburg eine Ausflugsgaststätte erbaut. Im Jahre 1906 wurde von einem deutschen Studentenverein im Nordteil der Burg der markante Bismarckturm errichtet.
In der Zeit des Dritten Reiches erfolgte eine Teilsanierung der Rothenburg. Das Burggelände sowie das Gasthaus nutzte in dieser Ära die SS für ihre Zwecke.

In den 1990er Jahren wurden abermals Sicherungs- und Sanierungsarbeiten durchgeführt. Heute befindet sich die Burgruine Rothenburg in Privatbesitz.